Прошу извинить - невнимательно прочитал вопрос и "по инерции" решил, что речь идёт о распределении неразделимых расходов (амортизации) в целях исчисления налога на прибыль, а Вы спрашиваете о распределении налоговой базы по налогу на имущество. 🤦♀️
В этом случае распределение, действительно, рекомендуется поквартальное. Кроме приведенного Вами письма есть ещё письмо от 1 ноября 2006 года № 03-11-04/3/482, подписанное С.В. Разгулиным, в котором по данному вопросу в общем-то говорится то же самое. Одно замечание - в письме А.И.Иванеева, которое Вы упомянули, "1 января года, следующего за налоговым периодом" нужно заменить на "31 декабря года, являющегося налоговым периодом" в связи с соответствующим изменением п.4 ст. 376 НК РФ.
Что касается второго вопроса, я полагаю, что всё-таки надо считать долю пропорционально общей выручке. См., например, письмо Минфина РФ от 24 марта 2008 г. № 03-11-04/3/147 (Н.А.Комова):
"В том случае, если имущество организации используется в сферах деятельности, как переведенных на уплату ЕНВД, так и не переведенных на уплату этого налога, и по данному имуществу невозможно обеспечить раздельный бухгалтерский учет, то стоимость имущества, являющегося объектом налогообложения по налогу на имущество организаций, следует определять пропорционально сумме выручки от реализации продукции (работ, услуг), полученной в процессе иной деятельности, в общей сумме выручки от реализации продукции (работ, услуг) организации."
То же самое написано С.В. Разгулиным в письме от 14 декабря 2007 г. N 03-11-04/3/494.
А намёк на альтернативную точку зрения можно встретить в письме от 26 октября 2006 г. № 03-06-01-04/195 (А.И.Иванеев)
"В то же время необходимо иметь в виду, что для целей налогообложения при расчете не должна учитываться выручка от реализации продукции (работ, услуг) данного обособленного подразделения, полученная от непосредственного использования имущества, обособленный учет которого обеспечен в рамках деятельности, связанной с общим режимом налогообложения или режимом ЕНВД."
Хотя выше, по поводу организации, а не об обособленном подразделении, в этом же письме написано:
"В том случае, если имущество организации используется в сферах деятельности, как переведенных на уплату единого налога, так и не переведенных, и по данному имуществу невозможно обеспечить раздельный бухгалтерский учет, то стоимость имущества, являющегося объектом налогообложения по налогу на имущество организаций, следует определять пропорционально сумме выручки от реализации продукции (работ, услуг), полученной в процессе иной деятельности, в общей сумме выручки от реализации продукции (работ, услуг) организации. При этом при определении выручки от реализации товаров (работ, услуг) принимается показатель "Выручка (нетто) от продажи товаров, продукции, работ, услуг (за минусом налога на добавленную стоимость, акцизов и аналогичных обязательных платежей)", формируемый в соответствии с требованиями нормативных правовых актов по бухгалтерскому учету и отражаемый в отчете о прибылях и убытках (форма N 2)."